Nel XIX secolo la popolazione lituana si ribellò allo zar perché impediva che le famiglie della regione prestassero tributo ai propri defunti. Il popolo, allora, piantò delle croci su questa collina in memoria dei propri morti.

Durante l’epoca sovietica, per tre volte le croci della collina furono completamente abbattute con le ruspe per disposizione del regime comunista, ma ogni volta ricomparivano sempre più numerose. Il Governo bloccò gli accessi alla collina e arrivò persino a lanciare false allarmi di epidemie nella regione.

Negli anni Sessanta del Novecento, il KGB decretò la fine di quella pratica. I sovietici bruciarono le croci di legno e distrussero quelle di metallo e di pietra. Non ne rimase nessuna intatta. Il giorno dopo, però, la collina era nuovamente piena di croci: di notte i cristiani le avevano ricollocate.

Il Governo bloccò gli accessi alla collina e arrivò a lanciare false allarmi di epidemie nella regione. I lituani non cedettero: ogni volta che le croci venivano distrutte o ritirate, tornavano a collocarle. Quando l’Unione Sovietica cadde, la Collina delle Croci contava già più di 100.000 crocifissi e icone sacre.